Le gouvernement prépare un nouveau tour de vis sur la fiscalité et le niveau des indemnités journalières de Sécurité sociale, dans un contexte de déficits croissants et de débats politiques nourris. Après l’abandon, fin 2025, de la fiscalisation des arrêts de travail pour Affection de Longue Durée (ALD), l’exécutif cible désormais les indemnités versées au titre des accidents du travail et maladies professionnelles (AT-MP) et poursuit une série de réformes qui modifient en profondeur la protection des salariés en arrêt maladie.
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Un virage budgétaire centré sur la maîtrise des IJSS
L’enjeu central est la réduction du déficit de la Sécurité sociale, et en particulier de la branche AT-MP, historiquement excédentaire mais désormais dans le rouge. Son déficit, estimé à 200 millions d’euros en 2025, pourrait atteindre 1 milliard d’euros en 2026 puis 1,5 milliard en 2027. Face à cette trajectoire, le ministère du Travail a demandé aux partenaires sociaux de la branche AT-MP de proposer 800 millions d’euros d’économies à horizon 2027.
Plusieurs pistes sont envisagées pour les salariés en arrêt de travail : fiscalisation accrue, plafonnement renforcé des indemnités et limitation de leur durée de versement. Ces mesures s’ajoutent à des réformes déjà en place comme la fin d’un régime spécifique pour certaines ALD, la baisse du plafond de calcul des indemnités maladie et le durcissement des règles de prescription des arrêts.
Vers une fiscalisation totale des indemnités AT-MP
La mesure la plus emblématique actuellement étudiée concerne la fiscalité des indemnités journalières versées en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Aujourd’hui, ces indemnités bénéficient d’un régime avantageux : seule la moitié de leur montant est soumise à l’impôt sur le revenu, l’autre moitié étant exonérée.
Cette somme correspond au montant estimé que l’État percevrait en rendant imposables les indemnités AT-MP actuellement exonérées à 50 %.
Pour les salariés concernés, cela se traduirait par une baisse nette du revenu de remplacement pendant l’arrêt de travail, à salaire brut inchangé. Ce recul du net serait d’autant plus marqué que toutes les indemnités journalières, quels que soient leur motif, restent assujetties à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %) sur leur montant brut, ces contributions étant prélevées comme sur un revenu de substitution classique.
Plafonnement renforcé des indemnités AT-MP
Parallèlement, le gouvernement étudie une réduction du plafond de calcul des indemnités AT-MP. Actuellement, ces dernières sont calculées sur des bases très élevées : jusqu’à 240,49 euros brut par jour pour les 28 premiers jours, puis 320,66 euros brut par jour ensuite, ce qui correspond à des plafonds équivalents à 2,8 fois le SMIC au début de l’arrêt et 3,7 fois le SMIC au-delà.
Cette mesure représenterait environ 270 millions d’euros d’économies supplémentaires.
Ce double mouvement — fiscalisation totale et resserrement du plafond — réduirait sensiblement l’indemnisation des salariés aux revenus moyens et supérieurs victimes d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle. Pour ceux bénéficiant de dispositifs de maintien de salaire via l’employeur ou des contrats de prévoyance collective, la baisse de la prise en charge par la Sécurité sociale se traduirait par une hausse des coûts pour les entreprises et les organismes de prévoyance, contraints d’augmenter leurs contributions ou leurs tarifs.
Un nouveau cadre en discussion pour la branche AT-MP
Ces propositions sont examinées dans le cadre des discussions engagées à partir de mi-2026 avec les partenaires sociaux de la branche AT-MP. De nouvelles réunions sont programmées à l’automne, avant leur éventuelle inscription dans les débats parlementaires sur le projet de loi de finances (PLF) et le projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) pour 2027.
Le déficit de la branche, financée exclusivement par les cotisations patronales, ne doit pas se traduire par une baisse de la protection financière des victimes d’accidents du travail ou de maladies professionnelles. Faire peser une partie de l’ajustement sur les indemnités versées aux salariés revient à faire supporter aux travailleurs les conséquences d’un risque directement lié au travail et au financement patronal.
Syndicats CGT et FO
Les ALD préservées de la fiscalisation… pour l’instant
Ces nouvelles orientations contrastent avec l’issue des débats budgétaires de fin 2025 concernant les affections de longue durée. À l’époque, le gouvernement avait proposé, dans le cadre du projet de loi de finances pour 2026, de soumettre à l’impôt sur le revenu l’intégralité des indemnités journalières perçues en cas d’ALD, comme le cancer ou la sclérose en plaques. Ces indemnités, jusqu’alors intégralement exonérées, auraient alors été fiscalisées à 100 %.
Face à une forte contestation, les députés ont largement rejeté cette mesure en novembre 2025, dénonçant une « double peine » pour les patients lourdement malades. Le Sénat avait proposé une exonération partielle à 50 %, non retenue, et le texte définitif de la loi de finances 2026 abandonne la fiscalisation des arrêts ALD.
En conséquence, en 2026, les indemnités journalières versées au titre d’une ALD demeurent totalement exonérées d’impôt sur le revenu. Elles restent en revanche assujetties, comme les autres, à la CSG et à la CRDS. Le plafond de calcul de ces indemnités a néanmoins été abaissé dans le cadre d’une réforme antérieure, puisqu’il est désormais limité à 1,4 fois le SMIC, contre 1,8 fois auparavant.
Un régime de droit commun plus restrictif pour les arrêts maladie
En parallèle des débats sur la fiscalité, le gouvernement a durci les règles de calcul des indemnités journalières pour maladie « ordinaire » et pour certaines affections auparavant mieux couvertes. Depuis un décret entré en vigueur au 1er avril 2025, le salaire de référence utilisé pour calculer les indemnités maladie de droit commun est désormais plafonné à 1,4 fois le SMIC, contre 1,8 fois auparavant.
Le montant maximal brut par jour de l’indemnité journalière pour les arrêts débutant à partir du 1er juillet 2026, calculé sur la base d’un plafond de 2 613,82 euros brut mensuel, soit 1,4 SMIC revalorisé.
Ce changement affecte directement les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 SMIC. Pour eux, la partie de leur revenu couverte par la Sécurité sociale en cas d’arrêt maladie diminue d’environ 20 %, à condition qu’ils ne bénéficient pas d’un dispositif de maintien intégral de salaire. Lorsque des accords collectifs ou des obligations légales imposent un complément de rémunération, le reste à charge se reporte sur l’employeur ou les organismes de prévoyance, avec à la clé une augmentation des cotisations de prévoyance en 2026.
Fin du régime « ALD non exonérantes »
Un autre volet de la réforme des IJSS porte sur la suppression du régime spécifique des Affections de Longue Durée dites « non exonérantes », actée par la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026. Ce statut intermédiaire concernait notamment des pathologies comme certaines formes de dépression ou les troubles musculo-squelettiques.
Avec la réforme, les patients atteints d’affection longue durée voient leur indemnisation passer de 1 095 jours maximum sur une période glissante à 360 jours sur trois ans, soit une limitation significative des droits.
Pour l’Assurance maladie, l’objectif est de contenir une dépense jugée peu maîtrisée, estimée à plus de 3 milliards d’euros avant la réforme. Les organisations syndicales dénoncent de leur côté une régression sociale frappant des salariés déjà confrontés à une dégradation de leurs conditions de travail, en particulier dans les secteurs exposés aux troubles musculo-squelettiques et aux risques psychosociaux.
Durcissement des règles de prescription des arrêts
Les modalités de prescription des arrêts de travail font également l’objet d’un encadrement renforcé à partir de l’automne 2026. La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 introduit des durées maximales pour les arrêts délivrés par les médecins.
En médecine de ville, un arrêt initial ne peut dépasser 15 jours, sauf exceptions médicales. En cas d’hospitalisation, la durée initiale maximale est d’un mois. Les renouvellements sont limités à deux mois par prescription.
Les praticiens devront en outre mentionner explicitement le motif médical de l’arrêt sur la partie du formulaire destinée à l’Assurance maladie. Cette exigence vise à faciliter la mise en place de contrôles automatisés et ciblés, afin d’endiguer une progression des arrêts de travail évaluée à près de 6 % par an ces dernières années.
Limitation de la durée des indemnités AT-MP
Les indemnités journalières AT-MP sont elles aussi encadrées plus strictement dans le temps. Un décret publié en juin 2026, pris pour l’application de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, met un terme au caractère potentiellement illimité de leur versement.
À compter des arrêts débutant au 1er janvier 2027, la durée de versement des indemnités AT-MP est plafonnée à quatre ans maximum par sinistre. Passé ce délai, l’assuré bascule automatiquement vers une pension d’invalidité, ce qui transforme la prise en charge des séquelles d’accidents du travail et de maladies professionnelles de longue durée.
Un paysage des indemnités journalières en pleine recomposition
Au terme de ces différentes réformes et projets, le paysage des indemnités journalières apparaît en profonde recomposition. En 2026, le régime fiscal et les plafonds de calcul se présentent ainsi :
Les arrêts maladie ordinaire sont imposables et limités à 1,4 SMIC. Ceux pour ALD sont exonérés d’impôt mais plafonnés aussi à 1,4 SMIC. Les arrêts AT-MP bénéficient d’une exonération de 50 % et de plafonds plus élevés (2,8 et 3,7 SMIC), mais ces avantages sont visés par des réformes en 2027.
Dans ce contexte, la question centrale devient celle de l’équilibre entre redressement financier de la Sécurité sociale et maintien du niveau de protection offert aux salariés en cas de maladie ou d’accident lié au travail. Les arbitrages qui seront rendus dans les prochains mois, notamment sur la fiscalisation des AT-MP, pourraient marquer une étape décisive dans l’évolution du régime des indemnités journalières en France.
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